Folding @ Home Dengan Green Sarawak

Selamat datang ke laman team Folding @ Home kami – Green Sarawak. Kami berbangga untuk menyertai Folding @ Home untuk membantu memerangi pelbagai penyakit penting dengan mendermakan kuasa komputer kami ke dalam rangkaian komputer yang diedarkan untuk lipatan dan pembukaan protein yang diketuai oleh Stanford University.

[email protected] Statistic for Team GreenSarawak
Team ID missing - Check in later
Grand Score missing - Check in later
Work units missing - Check in later
Most recent work unit completion date missing - Check in later
Report generated on 19 June 2019, 3:47 pm

[email protected] allows anyone to assist with disease research by donating their unused computer processing power. To join in, simply download the [email protected] software.

http://folding.stanford.edu/stats/api/awards/team/credit/233758

Projek Folding @ Home (FAH) didedikasikan untuk memahami lipatan protein, penyakit-penyakit yang disebabkan oleh salah pengubahan protein dan pengagregatan, dan cara pengiraan untuk membangunkan ubat baru pada umumnya.

lipatan Protein

Projek 13784: salah satu projek yang dilipat di dalam penyelidikan mengenai interaksi protein-protein (PPI).

Sebelum kita melompat ke lipatan Protein, mari tahu beberapa asas. Protein seperti yang kita ketahui adalah blok bangunan asas bagi semua kehidupan. Mereka adalah unsur struktur tulang, otot, rambut, kulit dan saluran darah. Molekul-molekul ini terdiri daripada rantaian asas amino yang membentuk rantai protein yang panjang.

Rantaian Protein yang panjang tidak kekal sebagai rentetan manik-manik, tetapi boleh dilipat ke dalam bentuk yang rumit dan spesifik yang kelihatan seperti origami 3D. Bentuknya akan menjejaskan fungsinya dan sangat spesifik seperti kunci dan pembuka kunci. Lipatan protein berkait rapat dengan genom yang membentuk kod protein.

Ia sama seperti origami, langkah-langkah lipatan protein perlu berada di sudut dan bahagian yang tepat, dan oleh kerana ia adalah beribu kali lebih rumit daripada origami kertas biasa, kesilapan cenderung berlaku. Salah satu kesilapan atau kesilapan kecil akan membawa kepada konfigurasi yang berbeza yang menyebabkan bentuk protein menjadi terdistorsi dan disfungsi. Adalah dipercayai bahawa kesalahan lipatan protein ini membawa kepada proses penyakit seperti penyakit Alzheimer, penyakit Huntington, fibrosis kistik, BSE (penyakit Mad Cow), emfisema keturunan, dan juga pelbagai bentuk kanser.

Pengkomputeran yang Diagihkan Folding @ Home

PenLipatan protein boleh disimulasikan secara matematik dalam simulasi komputer, sama seperti proses memproses bagaimana kertas harus dilipat untuk membentuk produk origami.

Oleh kerana kompleks protein adalah dilipat dengan rumit, setiap atom dalam rantaian protein boleh menjejaskan atom-atom jiran, membentuk ikatan dan pesongan, tarikan dan penolakan kerana caj elektriknya. Oleh itu, protein sebenar tidak kekal statik seperti tanah liat yang dibentuk tetapi sentiasa dalam pergerakan dan getaran halus.

Protein akan sentiasa mencari bentuk dan konfigurasi yang paling selesa untuk dikekalkan. Bagaimanapun keadaannya selalu dicabar oleh bahan berhampiran, protein atau molekul air. Sesetengah protein mengandungi kawasan yang hidrofobik (benci air) akan dibendung lagi ke dalam kerana ada air di sebelahnya.

Tidak seperti origami yang merupakan proses statik dengan satu kemungkinan dihasilkan apabila semua langkah yang direplikasi sama dengan lipatan setiap kertas. Lipat protein adalah proses dinamik, setiap penlipatan protein dengan cara yang sama tidak akan berakhir dengan hasil yang sama akibat perubahan mikro dalam proses tersebut. Perubahan mikro ini bagaimanapun boleh dimanipulasi oleh komputer, dan membuat simulasi secara berbeza.

Maklumat yang lebih mendalam mengenai bagaimana dan mengapa lipat protein boleh didapati di laman web rasmi mereka:http://folding.stanford.edu/dig-deeper/

Simulasi Lipatan protein tidak hanya dapat membolehkan kita melihat bagaimana protein dilipatkan, tetapi juga dapat memperoleh pemahaman yang lebih dalam dan membuka peluang baru untuk menhasilakan protein kemungkinan baru agar terapi bersasaran akan lebih berkesan masa depan.

 
Pandangan protein projek 13784 dari lipat di konsol rumah.

Simulasi komputer ini akan memerlukan jumlah proses komputer yang besar, dan hanya boleh dilakukan oleh komputer super. Walau bagaimanapun, dengan mengagihkan proses induk yang rumit kepada banyak komputer yang murah, ianya pun akan mencapai matlamat yang sama dengan kos yang lebih murah.

kita tidak mengatakan bahawa komputer peribadi pengguna adalah bahan murah, tetapi memandangkan superkomputer nasional menumpukan lebih banyak kepada beban kerja kritikal nasional seperti rangkaian pertahanan ketenteraan, prospek minyak, simulasi cuaca global dan ramalan dan lain-lain. Untuk mendapatkan kekuatan pemprosesan daripada menyewa bahagian dari kemudahan komputer super ini simulasi molekul ialah keutamaan yang rendah. Lebih-lebih lagi kos perkakasan pelayan adalah> 10 kali lebih mahal daripada komputer peribadi pengguna berbanding dengan kuasa pengkomputeran yang sama.

Sifat Paralelisme pengkomputeran dan sifat distributifnya membolehkan satu tugas komplex utama dipecahkan kepada tugas yang lebih kecil yang dapat dikendalikan oleh komputer pengguna biasa. Satu projek boleh terdiri daripada banyak senario simulasi, contohnya protein tunggal boleh menghasilkan produk yang berlainan disebabkan perbezaan sedikit dari keadaan awalnya. Oleh itu, setiap perbezaan sedikit ditujukan kepada komputer yang berbeza dan bersama-sama semua komputer akan bekerja ke arah menghasilkan bentuk protein yang paling berkemungkinan. (lipatan protein adalah bersifat statistik dan dapat disimulasi dengan komputer).

Pengkomputeran pengedaran tidak hanya dilihat dalam lipatan protein, sumber terbuka yang lain seperti BOINC juga membolehkan pengguna menaja kuasa komputer mereka untuk tugas pengkomputeran yang diedarkan, seperti [email protected], IBM World Community Grid, dan [email protected].

Begitu juga dalam dunia cryptocurrency seperti bitcoin, proses perlombongan cryptocurrency memang terlalu banyak untuk pengendalian satu komputer, dengan itu satu kolam diwujudkan, di mana semua orang menyumbang sebahagian daripada penprocessan dari pelayan yang mengendalikan kolam dan mengedarkan tugas ke setiap komputer yang dihubungkan kepadanya . Pelombong akan diberi ganjaran berdasarkan saham mereka dalam proses perlombongan.

Kenapa keperluan menuai kuasa komputer yang tidak digunakan daripada orang ramai?

Konsep ini kembali kepada idea bahawa banyak komputer berada dalam keadaan terbiar, yang bermaksud tidak menghasilkan sebarang manfaat berfungsi tetapi membuang tenaga. Kebanyakan masa komputer kami akan dibelanjakan untuk tugas yang tidak intensif, seperti menonton filem, dalam talian, menyemak imbas foto, menaip spreadsheet, membuat powerpoint, atau hanya meninggalkan pada hanya kerana perasaan ingin melihat screensaver yang menakjubkan. Tiada pengguna komputer akan mempunyai masa komputer 100% yang digunakan untuk tugas yang intensif seperti Gaming atau pengeditan filem sepanjang masa. Oleh itu, komputer semasa adalah lebih berkuasa daripada apa yang dikendalikannya pada masa sebenar.

Walaupun tindakan ini tidak kelihatan memberi banyak impak kepada satu komputer tunggal, namun semua masa komputer yang terbuang ini akan ditambah menjadi kerugian yang sangat besar dari aspek komputer di seluruh dunia. Kehilangan tenaga, kehilangan wang, dan meningkatkan jejak karbon dari proses penjanaan kuasa untuk mejalankan komputer ini.

Sejak projek itu dimulakan pada tahun 2000, banyak projek telah menambah ke dalam senarai projek, yang boleh didapati di laman web rasmi mereka: http://folding.stanford.edu/project-timeline/

Pada tahun 2016, satu kejayaan penting telah dicapai, [email protected] mencapai melebihi 100PetaFLOP kuasa pengagaran komputer yang diedarkan dan nombor ini masih meningkat. FLOPS adalah ukuran prestasi komputer, terutamanya dalam bidang pengiraan saintifik yang menggunakan pengiraan terapung.

Untuk meletakkannya dalam perspektif, 100PetaFLOPs bersamaan dengan Operasi titik terapung seratus quadrillion (atau 100,000,000,000,000,000) sesaat atau menjadi sama atau lebih kuat daripada komputer paling berkuasa dunia pada 2016 – Komputer Super Sunway TaihuLight di Wuxi, China yang mempunyai prestasi puncak lebih daripada 125 PetaFLOPs.

Jadi jangan memandang rendah komputer anda walaupun ia hanya boleh mencapai 1 GigaFLOP. Sedikit sedikit akan menjadi banyak kalau semua orang menyumbangnya.

 

Menyertai Folding

[email protected] dikendalikan oleh institusi akademik (khususnya Kumpulan Pande, pada Stanford University’s Chemistry Department), yang merupakan institusi bukan keuntungan khusus untuk penyelidikan sains dan pendidikan. Oleh itu, semua tindakan ke arah usaha lipat adalah sukarela. Sama seperti sumbangan kepada kemanusiaan dan yang memerlukan.

Sebelum memulakan, anda boleh melihat laman web rasmi mereka untuk maklumat lanjut tentang lipatan. Anda boleh duduk dan berehat untuk memutuskan sama ada anda ingin menderma dengan nama pengguna unik sendiri atau secara anonim.

Nama pengguna – Username

Untuk memeriksa sama ada nama sudah digunakan, gunakan alat carian ini. Ia akan mengubah anda ke Donor statistics pada laman web rasmi folding at home.

Taipkan nama anda di atas (di mana ia mengatakan “YourName”) untuk melihat sama ada nama pengguna sudah digunakan. Anda juga boleh memilih untuk tidak mengunnakan nama pengguna dan hanya mendermakan waktu CPU anda secara anonim (user name = anonymous). Nama pengguna hanya boleh mengandungi huruf atau nombor (untuk memasukkan ruang, anda boleh menggunakan watak “_” garis bawah). Nama pengguna juga sensitif kes.

Oleh kerana semua lipatan adalah sukarela, nama pengguna hanya untuk tujuan statistik sahaja. Anda juga boleh menggunakan nama pengguna yang sedia ada dan mata anda akan dikreditkan ke nama pengguna tersebut. Bagaimanapun, anda tidak dapat membuat apa apa dengan berbilion mata dalam statistik penderma anda, kecuali anda boleh berbangga tentang berapa banyak yang anda telah sumbangkan.

Sekiranya anda mahu menukar nama pengguna anda, anda tidak boleh menukar nama lama (kerana ia terikat kepada statistik), tetapi anda boleh membuat nama pengguna baru yang kiraan matanya akan bermula dari sifar.

Di Klien Lipatan Folding at Home terdapat bahagian identiti di mana anda boleh memasukkan nama pengguna, pasukan dan kunci laluan (passkey) anda.

kunci laluan (Passkey)

Mulai dengan klien FAH v6.0, pengguna boleh mendapatkan kunci laluan unik dari laman web rasmi (kunci laluan unik akan terikat kepada alamat e-mail dan nama penguna unik). Oleh kerana satu nama pengguna boleh dikongsi oleh ramai orang, terdapat masalah dengan penyumbang tidak mengikut peraturan dalam kumpulan. Satu manfaat utama kunci laluan adalah bahawa jika seseorang menipu, mata setiap orang dengan nama pengguna itu tidak akan kosong sepenuhnya – hanya parti yang bersalah dan mereka yang tidak mempunyai kunci laluan yang menyumbang mata akan dihapuskan.

Halaman rasmi bahawa anda boleh mendapatkan kunci laluan.

Anda boleh melipat tanpa kunci laluan unik, tetapi jika anda ingin mendapatkannya, sila pergi ke http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/getpasskey.py dan masukkan nama pengguna dan e-mel anda. Mereka akan menghantar anda kunci laluan ke e-mel anda. Borang permintaan laluan masuk adalah sensitif huruf.

Sekiranya anda mempunyai kunci laluan sebelum dan anda terlupa, memasukkan maklumat yang sama (nama pengguna dan e-mel) akan menghantar kunci laluan yang sama ke e-mel anda. Jika anda memasukkan e-mel yang berbeza, anda akan mendapat kunci laluan yang sama sekali baru kerana ia akan mempertimbangkan orang lain dengan nama pengguna yang sama.

Buatkan satu pasukan

borang penciptaan pasukan

Membuat pasukan adalah pilihan. Jika anda mahu menyertai pasukan GreenSarawak kami, masukkan kunci ID pasukan sebagai233758 , Walau bagaimanapun jika anda mahu menyertai pasukan lain, anda boleh pergi keteam statistic untuk mencari pasukan yang disukai dan ID pasukan untuk klien lipatan anda.

Jika anda ingin membuat pasukan baru, sila pergi ke http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/createteam.pl untuk membuat pasukan anda sendiri dan menjemput semua orang untuk projek lipatan ini.

Maklumat yang diperlukan adalah:

  1. Nama Pasukan Baru
  2. URL Homepage Team (pilihan)
  3. URL Logo Pasukan Baru (pilihan)
  4. Nama pengguna (nama pengguna yang akan digunakan apabila perlu menukar maklumat pasukan kemudian)
  5. Kata laluan (sekurang-kurangnya enam aksara)
  6. Alamat E-mel (diguna apabila anda terlupa kata laluan)
Bahagian mengenai menukar maklumat pasukan.

Dalam Folding at Home, ID pasukan (nombor) adalah sangat penting kerana sesiapa yang ingin menyumbang unit kerja mereka ke arah pasukan harus memasuki nombor ID pasukan dalam konfigurasi klien mereka. Sebagai pengasas pasukan dapat mengubah nama pasukan mereka, logo dan laman utama dengan memasukkan nama pengguna dan kata laluan yang mereka gunakan untuk membuat pasukan itu.

 

Untuk menukar maklumat pasukan, anda boleh pergi kehttp://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/changeteam.pl

Anda boleh menukar nama pasukan, e-mel, laman web pasukan, logo pasukan dan kata laluan dari bahagian ini. Anda tidak boleh menukar nama pengguna pengasas. Oleh itu, penting untuk mempunyai nama pengguna yang anda boleh ingat.

program lipatan Folding at home

Untuk mempunyai akses ke program lipatan, anda boleh memilih untuk memasang aplikasi desktop atau menggunakan aplikasi web (hanya disokong dalam google chrome).

Lipatan protein dengan perisian desktop di home …

klien Folding at Home adalah perisian yang membolehkan komputer anda menyumbang ke dalam rangkaian pengkomputeran distributif. Muat turun pelanggan boleh didapati darihttp://folding.stanford.edu/start-folding/ atau anda boleh mencari melalui alternative download page untuk pelanggan yang mengunakan sistem pengendalian yang lain.

Sistem operasi yang disokong termasuk:

Klik pada pautan di atas untuk butiran pemasangan untuk setiap perisian operasi.

Klien Folding at Home adalah perisian ringan yang berfungsi sebagai jambatan antara pelayan pengedaran unit kerja dan komputer peribadi anda. Komponen Enjin tambahan yang diperlukan untuk simulasi unit kerja akan dimuat kemudian apabila diperlukan oleh simulasi tersebut.


Kawalan web Pengurus Folding at Home yang menunjukkan halaman perubahan identiti.

Selepas pemasangan, Laman Web Web Control
(pengurus Klien Folding at Home) akan bermula secara automatik selepas beberapa saat. Dari situ, anda akan mula-mula menghadapi halaman identiti perubahan. Anda boleh memasukkan semua maklumat yang telah kami sediakan sebelum ini – nama pengguna, ID pasukan (nombor) dan kunci laluan. Anda mempunyai pilihan untuk membiarkannya kosong sekiranya anda hanya ingin melipat protein tanpa identity nama di bawah nama pengguna “Anonymous” dan nombor pasukan “0”.

Lipat dengan penyemak imbas web …

Apabila menggunakan Pelayar Chrome, anda boleh menjalankan Folding @ home tanpa memuat turun perisian tersebut ke komputer atau telefon anda. Anda hanya perlu melancarkan aplikasi dan mula lipatan protein.

Slider kuasa lipatan (Folder Power Slider)

Perisian akan berjalan di latar belakang, namun anda masih mempunyai kawalan ke atas cara menggunakan sumber komputer anda. Ia dipanggil “Folder Power Slider”, yang boleh didapati di kawalan web dan kawalan pendahuluan klien.

Slider kuasa lipatan dalam kawalan pendahuluan pelanggan.
Slider kuasa lipatan dalam kawalan web.

Gelangsar mengawal berapa banyak sumber sistem komputer yang akan digunnakan oleh perisian Folding @ home. Laraskan tahap ini pada bila-bila masa dan perisian akan menyusun semula secara automatik. Terdapat tiga konfigurasi kuasa yang telah ditetapkan yang membolehkan anda dengan mudah menyesuaikan prestasi Folding @ home dari tahap rendah ke maksimum.

 

Mengapa ini penting? ia adalah kerana lipatan protein adalah kerja simulasi yang intensif, ia akan memanaskan perkakasan anda jika anda mempunyai komputer peribadi yang tidak memadai. Seorang peminat permainan komputer akan mengetahui bahawa komputer akan terhempas jika anda menekankan komputer yang tidak berventilasi dengan permainan simulasi grafik yang sengit.

Kebiasaannya kebanyakan komputer gred permainan yang boleh menahan penyeksaan permainan sengit akan mempunyai sokongan perkakasan yang mencukupi untuk memastikan komputer mereka tidak terhempas walaupun dengan pilihan kuasa lipat penuh. Bagaimanapun, jika anda menggunakan komputer riba biasa, komputer mini dengan atau komputer rendah yang rendah tanpa kad grafik, anda mungkin perlu kekal pada kuasa lipat ringan supaya tetap responsif dan selamat.

Gelangsar kuasa mempunyai tiga jawatan dan dua pilihan yang berjalan:

  • Ringan (Light)
    • CPU lipat pada separuh kelajuan, Lipatan dengan GPU dihentikan.
  • Serdehana (Medium)
    • CPU lipat pada kelajuan tiga suku. Lipatan dengan GPU dimulakan. Ini adalah tetapan lalai, dan disyorkan untuk kebanyakan pengguna.
  • Penuh (Full)
    • CPU lipat pada kelajuan penuh. Lipatan dengan GPU dimulakan. Inilah persekitaran yang paling produktif. Akan menyebabkan lipatan berjalan dengan lebih cepat dan boleh menghasilkan lebih banyak haba.
  • Semasa saya sedang bekerja (While I’m working)
    • Lipatan Protein diaktifkan untuk dijalankan sepanjang masa, berdasarkan kedudukan gelangsar.
  • Hanya apabila terbiar (Only when idle)
    • Lipatan hanya akan bermula apabila sistem komputer tidak digunakan (tiada input tetikus atau input papan kekunci baru) selama beberapa minit.

Ganjaran

Anda tidak mendapat kewangan atau medali untuk sumbangan sukarela kuasa komputer ke arah pengkomputeran pengedaran, tetapi anda akan dikreditkan dengan mata untuk kerja keras anda. Mata ganjaran ditentukan oleh prestasi setiap perkakasan lipatan setiap penyumbang (CPU, GPU, dan lain-lain) berbanding dengan mesin rujukan. Butiran bagaimana mata diberi ganjaran boleh didapati di faq rasmi mereka: http://folding.stanford.edu/support/faq/points/

Bagi orang biasa, semakin banyak mata yang anda miliki, semakin banyak anda boleh membesarkan diri tentang sumbangan anda kepada lipatan. Tetapi selain membual tentang perkara yang anda ada, perkara yang paling penting ialah anda tahu bahawa anda telah menyumbang kepada keperluan penyelidikan penyakit melalui simulasi molekul. Itulah bahagian besar dari apa matlamat utama Folding at Home. Untuk kemanusiaan.

Selepas 3 hari lipatan protein dan kami mempunyai skor> 1,500,000 mata. Yeah !

Jadi apa yang anda ragu-ragu? Mari kita sertai Folding at Home sekarang.

Sertai pasukan kami dengan ID:233758

 

Artikel oleh RIGmaster

Maklumat disesuaikan daripada laman web rasmi Folding @ Home.